С чем связаны различия в строении пищеварительной системы хищников и растительноядных животных?

Скорее всего, различия в сторении пищеварительной системы состоит в образе жизни. Все травоядные животные имеют специализированную пищеварительную систему, включающую в себя несколько отделов желудка, в которых пища подвергается разложению и брожению бактериями-симбионтами, ничего подобного и в помине нет у хищников (и человека) им по характеру поедаемой пищи это не требуется. Небольшая длина кишечника у хищных животных объясняется не загниванием мяса, а всего лишь быстрой переработкой животного белка, который в отличии от растительного усваивается гораздо лучше. Просто обратите внимание на погадки хищника и травоядного животного. Нету в погадках волка никакого загнившего мяса. Да и вообще количество гуано от хищника на порядок меньше. 
Слюна хищников в обязательном порядке имеет ферменты! Я молчу про яд змей, фактически это ферментационная жидкость, которая переваривает тело укушенной жертвы... Практически любая слюна хищника представляет из себя слабый яд. Поэтому так тяжело заживают раны и укусы нанесенные хищниками... и человеком. А вот укусы травоядных животных никакой особой опасности не несут. 

 Все травоядные животные имеют
специализированную пищеварительную систему, включающую в себя несколько
отделов желудка, в которых пища подвергается разложению и брожению
бактериями-симбионтами, ничего подобного  нет у хищников (и человека) им по характеру поедаемой пищи это не требуется. Небольшая длина кишечника у хищных животных объясняется не загниванием мяса, а всего лишь
быстрой переработкой животного белка, который в отличии от растительного
усваивается гораздо лучше.